대한예수교장로회 제44회 총회(1959)는 합동 측과 통합 측으로 분열되었다. 이 분열에 대해 통합 측은 줄기차게 박형룡 박사의 3천만 환 사기 당한 사건을 덮기 위한 교권 투쟁이 결국 분열로 이어졌다고 주장한다.

그러나 합동 측은 박형룡 박사의 3천만 환 사건이 있기 훨씬 전부터 신학적인 W.C.C문제가 제기되어 갈등 관계에 있었다고 주장한다. 그러나 김영재 박사는 자신의 저서인 『한국교회사』에서 제44회 총회 분열은 교권의 갈등이 아닌 신학적인 문제임을 분명히 했다(김영재, 『한국교회사』(서울: 개혁주의신행협회, 1992), 290).

그는 “그러나 W.C.C.에 대한 견해 차이는 우연히 초래한 사소한 것이 아니았다”라고 말하면서 이는 “사소한 것으로 생각할 수도 있지만 결국, 신학적인 태도와 견해 차이에서 비롯된 것이었다”라고 분명히 했다.

김 박사는 “그리고 그 차이는 세월이 감에 따라 누구나 쉽게 인정할 수 있을 정도로 두드러진 신학적인 견해 차이로 발전하였다”라고 평가했다.

분열된 “합동 측의 총신대학은 전통적이며 보수적인 장로교 신학을 보수”하는 반면, “통합 측의 장로회신학대학은 보수와 진보 사이의 긴장 속에서 자신들의 신학은 양쪽 신학의 장점을 계승하는 포괄적인 신학이라고 규정한다”라고 했다.

박용규 교수는 “1959년 교단의 분열 이후 뚜렷이 다른 노선을 추구하게 되었다”라고 말하면서 “통합 측은 W.C.C.운동을 축으로 세계교회와의 교류를 추진하였고, 합동 측은 신학적인 보수성을 표방하면서 전도와 선교에 주력하였다”라고 했다(박용규, 『한국기족교회사Ⅱ』, 1011).